Die Enterprise trifft auf den kleinen Roboter Nomad, der die Menschheit vernichten will. Ein ähnliches Ziel verfolgt eine Gruppe Kelvaner-Wesen, der sich die Crew einige Zeit später gegenüber sieht. Als Kirk aus Versehen in einem Paralleluniversum landet, findet er eine deutlich veränderte Mannschaft vor. Als diese später von Mr. Mudd durch Androiden ersetzt wird, hat das ungeahnte Folgen. Captain Kirk hat sich jedoch noch ganz anderen Herausforderungen zu stellen. Mal muss er gegen Spock einen Zweikampf auf Leben und Tod bestehen, dann in einem Gladiatorenkampf gegen alle Sklaven der Herren von Triskelion kämpfen, um seine Crew zu retten. Die größte Herausforderung kommt jedoch auf die Enterprise zu, als der Erde durch den Start einer defekten Rakete ein Nuklearkrieg und damit der Untergang droht.
